Ninja Kids富家小子郝笑文（郝邵文 饰）携半路认识的“侍女”丑妹与先后到达的释小宝、小莹进入忍者学校学习，唯利是图的忍者学校对笑文大门敞开，但小宝和小莹就只有靠实力争取入学的机会。四个新同学自此开始了在忍者老师一元（吴孟达 饰）和二次的指导下学习忍术。这帮顽皮儿童在生活和学习的各方面都不忘寻找恶作剧的机会，使学习手里剑、潜水、吃饭都变成了一场场笑闹剧，催泪弹更成了他们哭丧赚取外快的绝密武器，连校长（黄一飞 饰）也败在他们的手里。某日，一名自称绝世忍者的大叔拜访忍者学校，此人十年前在忍者比赛落败后一蹶不振，苦练多年只为寻找当年的劲敌，而他当年的对手，居然是一元老师，四个小家伙受大叔求助，究竟该如何应对？